현대의 시퀸싱 기구들을 200base 이하의 서열 조각들로 시퀸싱을 하기에 때때로 오류를 일으키거나 신뢰성이 부족할 수 있다. 그렇기에 서열에 '품질' (Quality)을 정량적으로 따지는 것은 중요한 일이다. 이 품질은 Phred Quality scale로 따진다. 낮은 Phred quality scale은 base calld의 정확성에 덜 자신감이 있는 것이다. 이러한 scale은 아래와 같이 계산할 수 있다.Q = −10*log10(P) 이 때 P는 해당 base call이 부정확할 확률이다. Q=10이라면 해당 베이스가 맞지않을 확률이 1/10, 즉 정확성이 90%란 소리이다. Q=20이라면 정확성은 99%이다. 서열 자체에 이러한 아웃풋을 강력하게 저장하는 정석적인 형식이 FASTQ forma..