단백질 번역하기

https://rosalind.info/problems/ptra/

ROSALIND | Protein Translation

 

 생명체의 DNA는 단백질로 번역될 수 있다. 이 때 3개의 RNA가 단백질에 되응되는 코돈표를 이용하여 단백질을 번역한다. 이 때 RNA codon table은 생물종이나 어떤 DNA이냐에 따라 달라질 수 있다.

우리는 BioPython의 translate() 함수를 이용하여 이러한 테이블을 바꿀 수 있다. 이 transalte() 함수는,

translate(서열,table='Standard',stop_symbol='*',to_stop=False)

이 기본이다. 여기서 서열은 말 그대로 번역할 서열, table= 파라미터는 내가 고를 RNA codon table의 종류, stop_symbol= 파라미터는 종결코돈을 어떻게 표현할 것인가?이고 to_stop= 파라미터는 종결코돈을 만나면 번역을 그만둘지를 정한다.

 

위의 ROSALIND문제는 테이블이 어떤 종류냐를 찾는 문제이므로

from Bio.Seq import Seq,translate


with open(r"파일경로",'r') as f:
    DNA = Seq(f.readline().rstrip())
    Peptide = Seq(f.readline().rstrip())

    for i in range(1,16):
        if i==7 or i==8:
            continue
        if translate(DNA,table=i,stop_symbol='') == Peptide:
            print(i)
            break

와 같이 한다. 이 문제는 옛날 문제이기에 몇몇 테이블이 사라졌으므로 현재에도 대응되는 답이 나올 때 까지 문제를 몇 번 돌릴 수 밖에 없다.