Gloabal multiple alignment

 앞의 글에서 보았듯이 gloabal alignment는 전체 서열을 얼라이먼트 하는 것이다. 

https://rosalind.info/problems/clus/

ROSALIND | Global Multiple Alignment

 

 이 문제는 여러 개의 서열을 global alignment를 돌린 이후에 그 중 다른 서열들과 가장 다른 서열을 출력하는 문제이다. 이 문제는 https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/clustalo 이 사이트의 ClusterOmega를 이용하여 쉽게 풀 수 있다. 

 ClusterOmega는 pairwise alignment를 각각 실행하여 서로의 distanse matrix를 만들어낸다. 그리고 이 distanse가 가장 적은 두 개의 alignment를 쌍으로 정해두고 matrix를 기준으로 가장 가까운 서열들을 tree에 추가해 나가는 식으로 guide tree를 만든다. 그리고 이 guide tree에서 가장 먼저 떨어져 나오는 서열이 다른 서열들과 가장 다른 서열이다.

필자의 test case는 위와 같이 나와 가장 먼저 떨어져 나온 서열을 답으로 적어내 맞았다.