ID를 이용하여 global pairwise alignment 하기

https://rosalind.info/problems/need/

ROSALIND | Pairwise Global Alignment

이 문제는 두 개의 아이디가 주어지고 두 아이디로 GenBank에서 DAN 서열을 찾고 그 두개로 Pairwsie alignment를 돌려 점수를 뽑는 문제이다.

 이 문제는 직접 하자면 어려운 문제지만 문제의 의도는 바이오파이썬 Align 모듈을 활용하여 푸는 것이다. 직접 풀자면 https://jangbearbio.tistory.com/73 이 글을 참조하여 풀 수는 있다.

from Bio import Align
from Bio import SeqIO
from Bio.Align import substitution_matrices
from Bio import Entrez

Entrez.email = 'jangbear1109@gmail.com'

with open(r"파일경로",'r') as f:
    IDs = f.readline().rstrip().split()

    handle = Entrez.efetch(db='nucleotide',id=IDs,rettype= 'fasta')
    records = list(SeqIO.parse(handle,'fasta'))
    
    aligner = Align.PairwiseAligner()
    aligner.open_gap_score = -10
    aligner.extend_gap_score = -1
    aligner.substitution_matrix = substitution_matrices.load('NUC.4.4')

    score = aligner.score(records[0].seq,records[1].seq)

    print(score)

 

 바이오파이썬에서 Align의 특징은 aligner가 필요하다는 것이다. 내가 하고 싶은 align의 설정을 다 aligner에 설정해놓고 그 다음 서열만 넣어서 그대로 align을 돌리는 것이다.